1958年,南京大学数学系成立计算技术、计算数学、数理逻辑专业,培养计算机相关领域专门人才。

1978年,在计算技术专业整体以及数理逻辑、计算数学等专业部分师资的基础上,成立了南京大学计算机科学系,拥有计算机软件和计算机系统结构两个专业,同年开始招收硕士研究生。随后,依托计算机科学系成立了面向全校提供计算服务的南京大学计算中心。

进入80年代后,计算中心建制独立,成为与系平级的学校直属单位;计算机科学系陆续建立了情报检索专业和计算机应用专业。80年代后期,情报检索专业并入图书馆学系,即今天的信息管理系的信息管理与信息系统专业。

1981年建立了全国最早的计算机软件博士点,招收软件专业博士研究生,90年代后期随国家学科调整计算机软件学科更名为计算机软件与理论学科。1983年经教育部批准,在计算机科学系软件研究室基础上成立了南京大学计算机软件研究所。1988年,软件专业被确定为最早的两个计算机软件国家重点学科之一。

依托南京大学并由计算机科学系和计算机软件研究所骨干科研人员组成的计算机软件新技术国家重点实验室,自1986年底通过专家论证起,经过三年筹建,于1990年通过国家验收正式建成。1987年被批准设立计算机科学与技术博士后流动站。

1991年由计算机应用和计算机软件两个专业部分师资组建了计算机应用研究所;1992年被批准建立计算机应用博士点,计算机应用学科后来更名为计算机应用技术学科。

1993年,计算机科学系更名为计算机科学与技术系。同年,计算机软件、计算机应用、计算机系统结构三个本科专业合并为计算机科学与技术专业。

1995年,依托计算机应用技术学科成立了多媒体计算技术研究所。1997年,以计算机软件与理论学科部分师资为主体,成立了南京大学软件工程中心,之后成为江苏省软件工程研究中心。2001年成立了信息安全研究所。

1998年被批准为计算机科学与技术一级学科博士学位授权点。2002年,计算机软件与理论专业再度被评为国家重点学科,计算机应用技术专业被评为江苏省重点学科,计算机科学与技术一级学科被评选为“计算机软件与应用”江苏省重中之重学科。

2005年,南京大学计算中心重新挂靠计算机科学与技术系,更名为大学计算机基础教学部。